设立专项基金是基金会动员企业、机构、慈善家乃至普通百姓参与公益慈善事业的重要方式，对于充分发掘社会公益资源，培育大众公益慈善意识发挥了积极作用。但近年来，有个别基金会过于追求专项基金数量的增长和筹款规模的扩大，没有理顺自身与专项基金的关系，忽视了事中事后监管，在专项基金管理方面陆续暴露出一些问题。有的专项基金以独立组织的名义开展活动，有的忽视了公开透明，有的偏离了公益宗旨，有的背离了捐赠人和受助人的意愿，甚至还有个别专项基金借公益之名为个人或企业牟取私利。这些行为不同程度地损害了基金会的社会公信力，甚至给公益慈善事业的发展带来了负面影响。
　　民政部作为基金会的登记管理机关，一直致力于引导和规范基金会健康有序发展，对于专项基金存在的上述问题予以关注。从2009年至今，民政部单独或联合有关部门先后出台了4个规范性文件，都提出了针对专项基金的有关规范性要求。但这些文件涉及到专项基金管理的内容还不成系统。2015年12月24日，民政部印发了《关于进一步加强基金会专项基金管理工作的通知》（以下简称《通知》）。《通知》重点围绕“谁来管、管什么、怎么管”等问题，分别从基金会、业务主管单位、登记管理机关各自在专项基金管理中应当发挥的作用和承担的责任等方面进行了明确规定。
　　一、专项基金谁来管
　　专项基金出问题，根源在于基金会没有意识到自己在管理方面的主体地位，没有尽到管理职责。有的基金会把专项基金当做“挂靠”、“合作”单位，还有的甚至将它们视为游离于基金会监管之外的“独立团队”；只负责收取管理费，不负责管理，出了事一问三不知，责任推得一干二净。因此，在“谁来管”这个问题上，《通知》突出强调了基金会在专项基金管理方面应当承担主体职责，既要发展好，又要管得住。此外，业务主管单位和登记管理机关在对基金会的整体监管中也应当将专项基金作为基金会的组成部分，纳入监管视野，予以必要关注。